ولد البابا كيرلس عام  1902 شهر أغسطس بمدينة دمنهور وسماه والديه باسم عازر, ومنذ صغره مال إلي دراسة الكتاب المقدس وتتلمذ علي يد  القمص عبد المسيح المسعودي عندما التحق بدير العذراء البرموس بوادي النطرون عام 1927 حتي رسم قسا عام 1931

 

البابا كيرلس السادس عرف بحبه للخلوة فكان وكان يحب الاختلاء بمغارة مجاورة للدير العذراء البرموس,رسم راهبا عام 1928 واتخذ مينا اسما له ثم نقل مقر خلوته عام 1932 إلي  جبل المقطم بمصر القديمة في طاحونة من طواحين الهواء واستمر في مقره الجديد حتي عام 1941 عين عام 1943 رئيسا للدير الأنبا صمؤيل بالقلمون, وفي 10 مايو 1959 اختير لمنصب البطريركية فصار البابا رقم 116للكنيسة القبطية

ترأس عام 1965 أول مجمع في العصر الحديث للكنائس الأرثوذكسية اللا خلقدونية في أديس أبابا بالحبشة

بني البابا كيرلس السادس العديد من الكنائس والأديرة كما رمم الكنائس القديمة أشهرها دير الأنبا صمؤيل, دير مار مينا بمصر القديمة أيضا دير مار مينا, رمم كاتدرائية المرقسية القديمة وفي عام 1965 وضع الحجر الأساس للكاتدرائية المرقسية الحديدة في حفل رسمي حضره الرئيس الراحل جمال عبد الناصر,, وقام البابا كيرلس أيضا بتوسع مباني الكلية الاكليريكية 

 مات 9 مارس 1971 دفن تحت الكاتدرائية المرقسية لكن جثته نقلت فيما بعد إلي دير مار مينا  بمريوط  1972

 

تنسب إلي البابا كيرلس كثير من المعجزات الكاذبة, وفي عهده فبركت خرافة ظهور العذراء فوق قباب الكنيسة  مريم العذراء بضاحية الزيتون القاهرة ولم تتوقف الخرافات عن البابا كيرلس بموته, فهو يظهر بين الحين والآخر حسب زعم المسيحيين في الطاحونة التي كان يختلي بها, ويتوجه المسيحيون إلي البابا كيرلس بعبادة الدعاء